Il vescovo mons. A. Nicora, in una delle sue visite al Santuario, ha affermato che esso è una “ vera perla preziosa incastonata in questo splendido territorio veronese”.

A seguito dell'apparizione della Madonna si creò attorno alla pianta del Frassino un vero e continuo pellegrinaggio, e le offerte dei fedeli aumentavano, per cui il Consiglio Comunale di Peschiera in data 24 maggio 1511 stabilì che venissero ‘elette quattro persone soprastanti alla Veneranda Madonna dei Miracoli, affinché avessero a custodire il denaro per l'innalzamento della Chiesa'.

Il 10 settembre 1511 Roberto Stuard ‘comandante generale delle armi francesi, volle riservato a sé l'onore di porre la prima pietra del nuovo tempio mariano'.

"E' il luogo che ci sta a cuore perchè scelto da Maria per l'incontro con i suoi figli. Fiduciosi nella sua materna disponibilità, ci intratteniamo con Lei per venerarla e pregarla."

Il 12 settembre 1510 fu eretta la Cappella della Madonna, cuore del Santuario, e ‘furono chiamati alcuni religiosi dell'Ordine dei Servi di Maria per la decorosa custodia' della ‘Santissima Reliquia'.

Negli anni successivi la Cappella fu abbellita ed impreziosita con fregi e stucchi di Reti (sec. XVII) e tele del pittore Bertanza da Salò (sec. XVII) .

E' la casa della comunità religiosa. I Frati Minori che vivono qui e sono al servizio del Santuario, sono stati chiamati il 18 giugno 1514 con decreto del Consiglio Comunale di Peschiera. La loro presenza è stata forzatamente interrotta con la soppressione napoleonica nel 1810, e , per volere del popolo e del Comune, vi fecero ritorno nel 1898.

Il convento, costruito con il beneplacito di Papa Leone X (14 gennaio 1518), è addossato al Santuario, racchiuso in due chiostri semplici, che si presentano nella purezza e linearità cinquecentesche. I due Chiostri vennero affrescati un secolo dopo.