I Frati Minori che vivono qui e sono al servizio del Santuario, sono stati chiamati il 18 giugno 1514 con decreto del Consiglio Comunale di Peschiera. La loro presenza è stata forzatamente interrotta con la soppressione napoleonica nel 1810, e , per volere del popolo e del Comune, vi fecero ritorno nel 1898.
Il convento, costruito con il beneplacito di Papa Leone X (14 gennaio 1518), è addossato al Santuario, racchiuso in due chiostri semplici, che si presentano nella purezza e linearità cinquecentesche. I due Chiostri vennero affrescati un secolo dopo. Passeggiando nella pace dei chiostri, i numerosi ex-voto, appesi alle pareti, ci raccontano l’umile e filiale riconoscenza delle moltissime persone, che hanno ricevuto grazie dalla Madonna del Frassino.