I chiostri sono accessibili da un passaggio nella parete sinistra della cappella della Madonna, oppure dal portico che muove piazzale esterno, a destra della Chiesa. Percorrendo quest’ultimo (innalzato entro la metà del XVII secolo in un momento di trasformazione e razionalizzazione degli spazi e dei percorsi e successivamente tamponato) si osservano affreschi dipinti nelle lunette.
Delle otto scene solo poche sono riconoscibili e permettono di intendere che si tratta di storie di san Francesco.
Verso la fine del passaggio un’apertura sulla destra permette di vedere una parte del tronco del frassino sul quale è posta la statuetta di Maria.
Il primo chiostro viene innalzato dal 1518 – dopo l’autorizzazione rilasciata da Leone X per elevare accanto alla chiesa il complesso conventuale francescano.
A differenza della chiesa stessa (che prende forma a partire dal 1511), i caratteri formali del chiostro sono particolarmente arcaici.
Lungo le pareti del chiostro si trovano formelle in ceramica (qui poste recentemente in luogo di altrettanti aquerelli trasportati all’interno del convento e databili al principio del Novecento) che illustrano le vicende storiche del Santuario.
Nella parete orientale sta ora una lapide cinquecentesca con una lunga iscrizione: l’epigrafe riporta un carme lartino di Pasquale Bergamini ‘Cordigero‘ (notaio di Peschiera) che in questo testo narra per la prima volta la vicenda dell’apparizione e indica la data precisa dell’evento miracoloso, l’11 Maggio 1510.
Dalla parte opposta rispetto alla porta che introduce nella cappella dei Ceri, sta un’ulteriore epigrafe novecentesca che traduce il lingua italiana il componimento di Bergamini.
Il secondo chiostro è stato probabilmente innalzato a qualche anno di distanza dal primo. Qui tutti i sostegni dei portici sono costituiti da pilastri ottagonali che reggono direttamente la spalla dell’arco senza la mediazione di un capitello. Al di sopra corre un loggiato architravato con locali retrostanti su tre dei quattro lati.
In questo chiostro sono quindi realizzati gli affreschi narranti le storie del santo di Padova, eseguiti a circa dieci anni di distanza da quelli del chiostro precedente ancora dai due pittori Bernardino e Bernardo Muttoni. L’impostazione generale segue quella delle lunette del chiostro di san Francesco con la scena narrativa sovrapposta a versi (qui si tratta di terzine) con lo stemma e il nome del committente.
Alla base della prima lunetta sta un’iscrizione che riporta le date del compimento degli affreschi: il 1653 (erroneamente si legge oggi 1655) e il 1899, anno in cui si sono compiuti i restauri degli affreschi voluti dai Francescani ritornati l’anno precedente al convento dopo la soppressione napoleonica.
